Auf den ersten Blick vermutet man auf der Insel eher wenig Natur. Doch dies ist weit verfehlt. Helgoland bietet zwei Naturschutzgebiete und wurde mehrfach für die eigene Natur ausgezeichnet.
Eine Besonderheit bietet das Helgoländer Felswatt. Zur Flut liegt es unter Wasser, wohingegen während der Ebbe das Wasser abfließt und das Felswatt sichtbar wird. Für Biologen gilt es dann als Paradies, da es über tausende im Felssockel anzutreffende Pflanzen und Tierarten beinhaltet.
Zudem wurde 1892 auf Helgoland die Biologische Anstalt gegründet. Sie gehört zur Stiftung Alfred-Wegener Institut für Polas- & Meeresforschung. Hier befassen sich rund 80 Mitarbeiter mit den Themen der Meereszoologie, -mikrobiologie und -botanik, sowie mit biologischer Ozeanographie.
Zu den Highlights der Naturschauspiele über Wasser gehören neben der Kegelrobbenkolonie auf der Nachbarinsel Düne, welche ebenfalls zu Helgoland gehört, auch der Lummenfelsen an den Westklippen der Insel. Der Lummenfelsen ist Deutschlands einziger Vogelfelsen. Rund 10.000 Vogelpaare tummeln sich hier und bieten im Juni ein einzigartiges Erlebnis. Denn dann werden die jungen Trottellummen flügge und stürzen sich mit ihren kleinen Flügeln beim Lummensprung vom Felsen und landen auf den Wellen der Nordsee.