Zur Urgeschichte
Erst 2005 wurde am Wachtberg, einer der bedeutendsten Gravettienfundstellen Mitteleuropas, ein 27.000 Jahre altes Kindergrab gefunden. Dieser aus der Eiszeit stammende Fund gilt als die älteste bekannte Grabstätte Österreichs. Ebenso bemerkenswert war ein Fund im Zuge von Grabungen im Krems-Rehberg. Hierbei handelte es sich um das bisher älteste Kunstwerk Österreich: Fanny vom Galgenberg, eine 32.000 Jahre alte Frauenstatuette. Beide Funde zeigen wie weitreichend die Geschichte von Krems an der Donau ist.
Ab dem 7. Jahrhundert
Des Weiteren ist bekannt, dass die ältesten Niederlassungen der Stadt nicht dauerhaft bewohnt worden sind. Selbst im frühen Mittelalter wurden die Siedler hier in kriegerischen Auseinandersetzungen immer wieder vertrieben. Funde von Slawensiedlungen lassen auf eine Siedlungskontinuität erst seit dem 7. Jahrhundert schließen. Ab dem 10. Jahrhundert wurden in der Stadt dann Kaufmanns- und Verwaltungsstützpunkte errichtet. Die älteste Urkunde mit dem Namen Krems ist aus 995.
Gründung
Die Pfarre Krems wurde 1014 gegründet und galt 1130-1190 als Münzstätte der ältesten Münzprägungen. Nachdem im Rahmen der von Herzog Albrecht V. angeordneten Wiener Gesere im Jahr 1421 die jüdische Gemeinde in Krems vernichtet wurden, verlieh der römisch-deutsche Kaiser Friedricht III. der Stadt 1463 ein neues Stadtwappen, welches bis heute noch gültig ist. Zu sehen ist ein bewehrter, rot bezungter goldener Doppeladler, mit einer über dem Kopf schwebenden Kaiserkrone auf schwarzem Grund.
Neuzeit
Ab dem 16. Jahrhundert zählte Krems als Zentrum der Reformation. Ende des Jahrhunderts war Krems fast vollständig evangelisch, bis die Gegenreformation zuschlug. Durch die hohe Wirtschaftskraft und die kirchlichen Reformstreitigkeiten siegten am Ende die Katholiken. Gefolgt wurde dies von einem Stadtbrand, welcher als wirtaschftliche Katastrophe galt. Im Dreißigjährigen Krieg wurde die Stadt 1645 von den Schweden erobert und ein Jahr später rückerobert, wobei die Hälfte der Häuser beschäfigt und zerstört wurden. Vor allem im 18. und 19. Jahrhundert wurde südlich der Donau verstärkt Braunkohle abgebaut. Der untertägige Abbau hinterließ Hohlräume im Untergrund, welche zu Erdfällen führten und ganze Ortsteile absinken ließen.
Nationalsozialismus
Der "Anschluss" Österreichs 1938 bedeutete einen gravierenden Einschnitt in die Stadtgeschichte. Die Verfolgung und Vertreibung der jüdschen Bürger, ein Kriegsgefangenenlager und verwirtschaftliche Interessen am Industrieausbau waren nur einige der Auswirkungen und Folgen des Nationalsozialismus. In der Zeit wurde durch Einschluss 14 Gemeinden Groß-Krems geschaffen. Hier sind als erste Bauprojekte der Kremser Hafen und ein Stahlwerk erschaffen. Im Anschluss wurde dieser Ausbau aber auch wieder eingestellt. Daher wurde auch das geplante Gauforum nicht gebaut und die Verwaltungseinrichtungen wurden nicht nach Krems übersiedelt, sondern sind in Wien verblieben. Im selben Jahr bekam die Stadt dann den Status zur Statutarstadt, verliehen vom Innenministerium.
Zweite Republik
In der zweiten Hälfte des 20. Jahrhundert konnten viele Erfolge erzielt werden. Dazu gehören der Ausbau des Kremser Hafens und damit in Verbindung stehend eine moderne und leistungsfähige Industrie. Weiteres Wachstum wurde durch den Bau der Donau-Universität Krems und der Errichtung der Landesakademie erzielt. Seit dem Jahr 2000 gilt die Altstadt von Krems als UNESCO-Weltkulturerbe.